Für das BNN-Monitoring werden aus dem aktuellen Angebot auf dem Biomarkt alle vier Wochen Obst und Gemüse aus acht oder mehr Produktgruppen ausgewählt und analysiert. Hinzu kommen risikoorientierte Beprobungen von auffälligen Produkten oder Lieferant*innen. Etwa 60 bis 70 Stichproben werden auf diese Weise pro Aktion analysiert.
Die Obst- und Gemüsesorten, die beprobt werden sollen, wählt die Koordinationsstelle in Zusammenarbeit mit den teilnehmenden Unternehmen aus. Wichtige Entscheidungskriterien sind dabei:
die jahreszeitliche Marktlage
das Risikopotenzial für eine mögliche Anwendung unzulässiger Betriebsmittel (zum Beispiel Pestizide)
Die Koordinationsstelle führt kurz vor der geplanten Probenziehung eine Markterhebung zu den ausgewählten Produkten durch, wählt die zu beprobende Ware aus und fordert die angeschlossenen Großhändler und Importeure auf, eine vorher definierte Probe zu ziehen. Die Koordinationsstelle beauftragt einen Paketdienst im Namen des BNN und die Labore im Namen der Teilnehmenden. Auftraggeber der Probe ist somit jeweils das probenziehende Unternehmen.
Im Vordergrund der Untersuchungen steht die Analyse auf chemisch-synthetische Pflanzenschutzmittel. Je nach Produkt und Gefährdungslage werden verschiedene Analysen pro Produkt durchgeführt. Die geplante Anzahl der Proben pro Jahr erfolgt in Abstimmung mit dem Lenkungsgremium Monitoring.
Jedes Unternehmen stimmt mit seiner Teilnahme am BNN-Monitoring zu, dass die Analysenergebnisse innerhalb des BNN-Monitorings verwendet werden. Für eine Weitergabe an Dritte stimmt der Auftraggeber fallweise zu.